正常人體的血液、組織液、分泌液等體液中含有多種具有殺傷或抑制病原體的物質。主要有補體、溶菌酶、防御素、乙型溶素、吞噬細胞殺菌素、組蛋白、正常調理素等。這些物質的直接殺傷病原體的作用不如吞噬細胞強大，往往只是配合其它抗菌因素發揮作用。例如補體對霍亂弧菌只有弱的抑菌效應，但在霍亂弧菌與其特異抗體結合的復合物中若再加入補體，則很快發生溶解霍亂弧菌的溶菌反應。
當病菌、病毒等致病微生物進入到人體后，免疫系統中的巨噬細胞首先發起進攻，將它們吞噬到“肚子“里，然后通過酶的作用，把他們分解成一個個片斷，并將這些微生物的片斷顯現在巨噬細胞的表面，成為抗原，表示自己已經吞噬過入侵的病菌，并讓免疫系統中的T細胞知道。
T細胞與巨噬細胞表面的微生物片斷，或者說微生物的抗原，連著相遇后如同原配的鎖和鑰匙一樣，馬上發生反應。這時，巨噬細胞便會產生出一種淋巴因子的物質，他最大的作用就是激活T細胞。T細胞一旦“醒來”便立即向整個免疫系統發出“警報”，報告有“敵人”入侵的消息。這時，免疫系統會出動一種殺傷性T淋巴細胞，并由它發出專門的B淋巴細胞，最后通過B淋巴細胞產生專一的抗體。
殺傷性T淋巴細胞能夠找到那些已經被感染的人體細胞，一旦找到之后便像殺手那樣將這些受感染的細胞摧毀掉，防止致病微生物的進一步繁殖。
在摧毀受感染的細胞的同時B淋巴細胞產生的抗體，與細胞內的致病微生物結合使之失去致病作用。
通過以上一系列復雜的過程，免疫系統終于保衛住了我們的身體。
當第一次的感染被抑制住以后，免疫系統會把這種致病微生物的所有過程用具的記錄下來。如果人體再次受到同樣的致病微生物入侵，免疫系統已經清楚地知道該怎樣對付他們，并能夠很容易、很準確、很迅速的作出反應，將入侵之敵消滅掉。