發酵罐由于發酵液的體積很大，但實際生產中。升降溫度都比較困難，所以在整個發酵過程中，往往采用一個比較適合的培養溫度，使得到產物產量最高，或者在可能的條件下進行適當的調整。生長階段，應選擇最適生長溫度，產物分泌階段，應選擇最適生產溫度。
需要對發酵溫度進行丈量，需要控制發酵溫度。發酵溫度可通過溫度計或自動記錄儀表進行檢測，通過向發酵罐的夾套或蛇形管中通人冷水、熱水或蒸汽進行調節。
所用的大發酵罐在發酵過程中一般不需要加熱，工業生產上。因發酵中釋放了大量的發酵熱，這種情況下通常還需要加以冷卻，利用自動控制或手動調整的閥門，將冷卻水通人夾套或蛇形管中，通過熱交換來降溫，堅持恒溫發酵。