嘧啶核苷酸的分解代謝是先去除磷酸和核糖生成嘧啶堿,嘧啶堿在肝內降解。降解產物易溶于水,這點與嘌呤堿不同,嘌呤堿的代謝產物尿酸僅微溶于水。嘧啶環中的脲基碳以形式從呼吸排出,并產生β-丙氨酸(有生理意義,為鵝肌肽、肌肽及泛酸的成分)及β-氨基異丁酸(經代謝進入三羧酸循環)。
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