根據催化功能的不同,可以將脫氧核酶分為5大類:切割RNA的脫氧核酶、切割DNA的脫氧核酶、具有激酶活力的脫氧核酶、具有連接酶功能的脫氧核酶、催化卟啉環金屬螯合反應的脫氧核酶。
其中以對RNA切割活性的脫氧核酶更引人注意,不僅能催化RNA特定部位的切割反應,而且能從mRNA水平對基因進行滅活,從而調控蛋白的表達。