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  • 發布時間:2023-05-11 10:23 原文鏈接: 《自然》發表首個人類泛基因組草圖

       當地時間5月10日,人類泛基因組參考聯盟(Human Pangenome Reference Consortium)發表了首個人類泛基因組草圖。相關的四篇論文均已發布,其中三篇發布在《自然》(Nature)雜志,一篇發布在《自然-生物技術》(Nature Biotechnology)雜志。

      該草圖旨在盡可能多地描繪出最終代表整個物種的DNA(脫氧核糖核酸)序列。它從47個祖先不同的個體中開發而來,相比于此前的人類參考基因組版本(GRCh38,是一個目前被廣泛使用的,用于描述人類基因組序列的標準),人類泛基因組草圖增加了1.19億個堿基對(指在DNA雙螺旋結構中的兩個互補配對的堿基)和1115個基因重復。相比于GRCh38,該草圖能檢測到結構變異基因的數量增加了104%,為更完整地描繪人類基因組的遺傳多樣性提供了更多支持。

      覆蓋全球范圍的泛基因組。

      該項研究由美國華盛頓大學醫學院( University of Washington School of Medicine)、美國加利福尼亞大學(University of California)等主導。研究稱,GRCh38是目前已知的人類基因組序列的一個標準版本,它由一小部分人類基因組測序數據組成,其中包含許多已知的人類基因組變異和SNP(單核苷酸多態性)信息。GRCh38是人類基因組研究的重要工具,可以用來識別、定位和注釋基因,以及進行遺傳變異分析和比較基因組學研究。“但是,由于人類基因組是高度復雜的,存在很大的個體差異和變異形態,因此仍需要更深入的研究和探索來完善我們對其的理解。”

      發表于《自然-生物技術》的文章《A draft human pangenome reference》表示,自20年前首次發布人類參考基因組以來,它一直是人類基因組學的支柱。但在當前的GRCh38版本中,有210 Mb(兆堿基)的DNA序列段沒有被完整地測序,或無法確定其序列,其中151 Mb的區域完全未知,而59 Mb的區域是通過計算機模擬得到的預測序列。這種情況會造成相關研究的數據偏差,也意味著在人類基因圖譜中,依然有很多區域是我們尚未可知。“因此,我們需要不斷完善它。”

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