1.過敏性鼻炎
臨床癥狀與本病相似，易于混淆。過敏性鼻炎與本病不同之處包括：
（1）起病急驟，可在數分鐘內突然發生，亦可在數分鐘至2小時內癥狀消失；
（2）鼻腔發癢、噴嚏頻繁、鼻涕呈清水樣；
（3）發作與氣溫突變或解除周圍環境中的變應原有關；
（4）體檢可見鼻黏膜蒼白、水腫，鼻分泌物涂片可見嗜酸性粒細胞增多。
2.流行性感冒
患者可有上呼吸道感染表現，但具有下列特點：
（1）傳染性強，常有較大范圍流行；
（2）起病急，全身癥狀重，畏寒、高熱、全身酸痛、眼結膜炎癥明顯；
（3）鼻咽部炎癥癥狀和體征較輕；
（4）病毒為流感病毒，必要時可通過病毒分離或血清學明確診斷。
3.急性傳染病
某些急性傳染病（如麻疹、流行性出血熱、流行性腦脊髓膜炎、脊髓灰質炎、傷寒、斑疹傷寒）在患病初期常有上呼吸道癥狀，在這些病的流行季節或流行區應密切觀察，并進行必要的實驗室檢查，以資鑒別。
（1）麻疹 上呼吸道感染的癥狀為前驅期癥狀，約有90%的患者在發病后2～3天在上頜第二磨牙部位的頰黏膜上可見灰白色小斑點（科氏斑），上感無科氏斑。
（2）流行性出血熱 主要傳染源是鼠類，流行具有地區性。可有頭痛、腰痛、眼眶痛（俗稱三痛）癥狀，發熱、出血及腎損害為3大主征，典型患者可有發熱期、低血壓休克期、少尿期、多尿期及恢復期5期。上感全身中毒癥狀輕，主要以鼻咽部卡他癥狀為主。
（3）流行性腦脊髓膜炎 部分患者初期有咽痛、鼻咽部分泌物增多癥狀，很快進入敗血癥及腦膜炎期，出現寒戰、高熱、頭痛、皮疹。后期可有劇烈頭痛病出現腦膜刺激征。主要傳染源是帶菌者，通過飛沫傳播。
（4）脊髓灰質炎 是由脊髓灰質炎病毒引起的急性傳染病，未應用疫苗的兒童易感。前驅期大多出現上感癥狀，部分進入癱瘓前期，出現體溫上升、肢體疼痛、感覺過敏等神經系統癥狀，癱瘓器出現肢體不對稱性、弛緩性癱瘓，多見于單側下肢。
（5）傷寒 發熱為期最早期癥狀，可伴有上感癥狀，但常有緩脈、脾大或玫瑰疹，傷寒病原學與血清學檢查陽性，病程較長。
（6）斑疹傷寒 流行性斑疹傷寒多見于冬春，地方性斑疹傷寒多見于夏秋。一般起病急，脈搏較速，多有明顯頭痛。發病第5～6天出現皮疹，數量多且可有出血性皮疹。外斐反應陽性。