研究背景：
含碳氣體，如CO、CO2等，是重要的碳資源。構建能夠高效利用含碳氣體的人工細胞工廠，實現將其生物轉化為石油基化學品，將為解決全球資源和能源問題開辟一條新路，對工業可持續發展具有重大意義。梭菌是一類重要的可利用含碳氣體產生各類化學品的厭氧微生物。而其中，Clostridium carboxidivorans P7T是為數不多的可合成長鏈醇（如正丁醇和己醇）的自養菌。鑒于Clostridium carboxidivorans P7T的良好工業應用前景，其全基因組序列的完成對于在分子水平研究和改造該菌至關重要。
文章亮點：
1．首次完成該厭氧菌的全基因組精圖及注釋。
2．發現與其主要產物合成相關關鍵基因，為后續代謝工程改造奠定基礎。
結果分析：
我們利用二代測序儀MiSeq System和三代測序儀PacBio RS II system，成功完成P7的全基因組測序及拼接工作，并進行了全基因組注釋（圖1）。拼接及注釋結果表明：C. carboxidivorans P7全基因組總大小為5.73 Mbp，包含5,732,880 bp的環形染色體和19,902 bp的大質粒，GC含量29.9%；利用NCBI PGAP預測共有4973個基因編碼序列，11個rRNA，71個tRNA(表1)。（該研究中PacBio RS II測序服務由上海伯豪生物技術有限公司提供）
圖1 C. carboxidivorans P7染色體圖譜
表1 本研究得到的C. carboxidivorans P7全基因組與已報道草圖比較結果
Bruant et al. (2010)
Paul et al. (2010)
本研究
測序平臺
454 FLX
454 FLX
PacBio RS II
基因組大小 (Mbp)
5.63
4.4
5.73
質粒大小 (bp)
19,899
?
19,902
GC含量 (%)
29.7
29.7
29.9 (c), 27.5 (p)
CDS
5,347
4,174
4,951(c)+22 (p)
rRNAs (5S, 16S, 23S)
4
3
11
tRNAs
49
49
71
c: chrosome； p: plasmid； -: no data presented.
原文出處：Li N, Yang J, Chai C, Yang S, Jiang W, Gu Y. Complete genome sequence of Clostridium carboxidivorans P7(T), a syngas-fermenting bacterium capable of producing long-chain alcohols.J Biotechnol. 2015.
來源：上海伯豪生物技術有限公司
聯系電話：021-58955370
E-mail：market@shbio.com