上海生科院科研人員研發了premRNA可變剪接分析軟件CASH

發布時間：2017-04-11 15:45 原文鏈接：上海生科院科研人員研發了premRNA可變剪接分析軟件CASH

　　4 月 6 日，國際著名生物信息學期刊 Briefings in Bioinformatics 在線發表了中國科學院上海生命科學研究院（人口健康領域）馮英組和浙江農林大學吳文武博士，上海列冰生物科技有限公司宗杰博士的最新研究進展“CASH： a constructing comprehensive splice site method for detecting alternative splicing events”。該研究開發了 pre-mRNA 可變剪接分析軟件 CASH（Comprehensive Alternative Splicing Hunting），并利用該軟件研究了剪接蛋白 SRSF10 在不同物種中的剪接調控模式的保守和演化。

　　pre-mRNA 可變剪接事件的發現，是研究可變剪接的前提步驟，而基因組注釋（包括人類、擬南芥等最受重視的模式生物）存在不準確或未注釋的可變剪接；不同細胞或組織中往往又存在異常的可變剪接事件，這些可變剪接事件的發現是生物信息學的研究難點。在前期研究基礎上（Zhou X*， Wu W* et al， 2014，NAR），吳文武博士（浙江農林大學教授，原是生科院營養所的博士后）和宗杰博士（上海列冰生物）等開發了可變剪接分析軟件 CASH，該軟件利用高通量轉錄組數據，根據剪接位點直接構建可變剪接事件，進而揭示樣本間發生差異表達的可變剪接事件；與其他軟件比較結果顯示，CASH 在發現新的或異常的可變剪接事件方面，具有顯著性優勢。基于此軟件，進一步研究了剪接因子 SRSF10 的可變剪接調控，發現 SRSF10 所調控的基因在不同物種間保守性較差，但 SRSF10 結合的位點基序及其調控產生的剪接效應在物種間具有高度的保守性。

　　本研究 CASH 軟件可為其他研究者在可變剪接的發現方面提供便利，為其進一步開展可變剪接的功能研究提供必要支撐；剪接因子 SRSF10 參與的可變剪接調控研究有助于深入了解可變剪接發生的分子機制過程。

　　該研究獲得了博士后面上項目、博士后特別資助、國家自然科學基金等資助。