簡單的說上游引物就是和要擴增基因片斷上游序列結合的引物,下游引物指與目的基因片斷下游序列結合者.
上游引物：DNA分子兩端不一樣，因為核苷酸分子不是對稱的，5'位有個磷酸，3'位是-OH 就是：磷酸端和羥基端。DNA復制總是從5’端到3’端，因為DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸。
下游引物：是沿著正鏈進行延長的。體外擴增DNA，雙螺旋是部分或完全打開的，不存在岡崎片段，也不會一段段延長，理論上正反引物都是不間斷延長的，和體內DNA自我復制是有區別的。
判斷是上游引物還是下游引物的方法：是誰先復制誰是上游，往后的就是下游，上游下游是個相對概念，是某一個序列／堿基相對于另一個序列／堿基而言的。