1、糖蛋白類(glycoprotein)
與糖類共價結合的蛋白質，含糖量低于4%。糖基有二糖、低聚糖和多糖。糖蛋白是非常復雜的一類蛋白質，種類繁多，如：血型糖蛋白、激素糖蛋白、細胞膜糖蛋白、卵白蛋白以及外源凝集素。
2、黏蛋白類(mucoprotein)
與氨基多糖結合的蛋白，含糖量低于4%。一般多含有β一氨基葡萄糖，結合于下列一種或多種糖上：半乳糖、甘露糖、鼠李糖、葡萄糖醛酸等。
3、核蛋白類(nucleoprotein)
與核酸結合的蛋白質。如：DNA核蛋白、核糖體、簡單的植物病毒等。核蛋白存在于一切生物體內，細胞質、細胞核都含有核蛋白。
4、脂蛋白類(lipoprotein)
由蛋白質與脂肪或類脂物所構成的結合蛋白質。脂蛋白廣泛存在于動物體中，高等動物血液中的脂蛋白包括α一脂蛋白和β一脂蛋白。細胞膜中的脂蛋白影響細胞膜的通透性。
5、磷蛋白類(phosphprotein)
與磷酸共價結合的蛋白質。磷酸與蛋白質的絲氨酸或蘇氨酸的側鏈羥基結合，并具有可解離的酸性基團，主要存在于蛋黃、乳之中。如：酪蛋白(casein)、胃蛋白酶(pepsin)。
6、金屬蛋白類(metaoprotein)
與金屬離子直接結合的蛋白質。如：鐵蛋白(ferritin)含Fe2+，固氮酶含Mo2+和Fe2+，羧肽酶含Zn2+，超氧化物歧化酶含Cu2+和Zn2+等，許多蛋白質都含有少量的金屬。
7、血紅素蛋白類(hemoprotein)
與輔基血紅素結合的蛋白質，主要功能為參與呼吸或氧運輸。如：高等動物的血紅蛋白，低等動物的血藍蛋白，此外還有如：葉綠蛋白，過氧化氫酶，肌紅蛋白等。
8、黃素蛋白類(flavoprotein)
與黃素核苷酸FAD或FMN結合的蛋白質。如：黃素氧還蛋白、D-氨基酸氧化酶等。