與CRISPR旗鼓相當的新一代RNAi

　　基因篩選是經典的生物學研究方法，可以鑒定在某一生物學過程中起作用的基因。哺乳動物細胞的基因篩選一般是在RNA干擾（RNAi）的基礎上進行的。

　　1998年Andrew Fire 和Craig Mello兩位科學家首次在線蟲中證明了RNAi的存在，他們也因此獲得了諾貝爾生理/醫學獎。2001年馬普研究所的科學家們又在哺乳動物中發現了RNAi特異性沉默機制。這一技術隨即成為了反向遺傳學的重要工具，被視為靶向任何基因的“神奇子彈”。

　　RNAi是通過引入siRNA或者shRNA，讓細胞降解相應的mRNA，通過功能缺失表型來進行基因篩選。不過RNAi比較容易出現錯誤，siRNA/shRNA的脫靶效應會引起假陽性結果，siRNA/shRNA缺乏活性會引起假陰性結果。

　　此前，加州大學舊金山分校的研究團隊通過建立超復雜混合shRNA文庫（ultracomplex pooled short-hairpin RNA libraries），在很大程度上克服了RNAi用于全基因組篩選時的脫靶效應。現在他們通過系統改良進一步增強了shRNA的活性，向人們展示了靶標人類和小鼠基因組的新一代shRNA文庫。這一成果發表在近期的美國國家科學院院刊PNAS雜志上，文章的資深作者是加州大學舊金山分校的Jonathan S. Weissman和Martin Kampmann。

　　Weissman等人之前還開發過基于CRISPR的基因篩選技術，稱為CRISPR干擾（CRISPRi）。CRISPR原本是細菌抵御病毒的重要武器，現在它已經成為了科學研究的強大工具。雖然CRISPRi在哺乳動物細胞中有很大的應用潛力，但在某些情況下RNAi篩選依然是研究者們的首選。

　　在這項研究中，研究人員對自己的shRNA文庫進行了多方面的優化，包括向導鏈的選擇以及shRNA表達的啟動子和microRNA環境。他們還考慮到了篩選后的樣本制備，以便進行深度測序。研究人員建立了靶向人類和小鼠蛋白編碼基因的新一代文庫，并根據生物學功能將其分為12個亞文庫。

　　研究表明，新一代RNAi文庫在測試中的表現與CRISPRi旗鼓相當，能夠獲得高靈敏度和高特異性的互補性結果。