宿主生物必須確保絲氨酸蛋白酶的活性得到充分調節。這是通過對初始蛋白酶激活和抑制劑分泌的要求來實現的。
酶原是酶的通常無活性的前體。如果消化酶在合成時活躍，它們會立即開始咀嚼合成器官和組織。急性胰腺炎就是這樣一種情況，其中胰腺中的消化酶過早激活，導致自我消化（自溶）。它還使死后調查復雜化，因為胰腺通常會在進行肉眼評估之前自行消化。
酶原是大的、無活性的結構，能夠分解或變成較小的活化酶。酶原和活化酶之間的區別在于，酶原催化的活性位點是扭曲的。結果，底物多肽不能有效結合，不發生蛋白水解。只有在激活后，酶原的構象和結構發生變化，活性位點被打開，才能發生蛋白水解。
某些抑制劑類似于四面體中間體，因此會填滿活性位點，阻止酶正常工作。胰蛋白酶是一種強大的消化酶，在胰腺中產生。抑制劑阻止胰腺自身的自我消化。
絲氨酸蛋白酶與絲氨酸蛋白酶抑制劑配對使用，當不再需要它們時會關閉它們的活性。
絲氨酸蛋白酶被多種抑制劑抑制，包括用于研究或治療目的的合成化學抑制劑，以及天然蛋白質抑制劑。一類稱為“絲氨酸蛋白酶抑制劑”（縮寫為絲氨酸蛋白酶抑制劑）的天然抑制劑可以與絲氨酸蛋白酶形成共價鍵，從而抑制其功能。研究最多的絲氨酸蛋白酶抑制劑是抗凝血酶和α1-抗胰蛋白酶，分別研究了它們在凝血/血栓形成和肺氣腫/A1AT中的作用。人工不可逆小分子抑制劑包括AEBSF和PMSF。
已經在蝗蟲和小龍蝦中發現了一個名為pacifastin的節肢動物絲氨酸肽酶抑制劑家族，并且可能在節肢動物的免疫系統中起作用。