植物組織總蛋白質的提取方法較多,常用的方法有TCA-acetone(三氯醋酸-丙酮沉淀)法,Tris法、磷酸緩沖液(PB)法和試劑盒法等。另外,蛋白質濃度的測定方法有紫外分光光度法(UV法)、Bradford法、定氮儀法、雙縮脲(Biuret)法、BCA(Bicinchoninic Acid)法、Lowry法和試劑盒法等。其中現在最常用的還數蛋白質測定儀，因為蛋白質測定儀采用凱氏定氮法，而凱氏定氮法是標準的測定蛋白質含量的方法。下面我們就PB法和Tris法做一比較。
采用PB法提取總蛋白,成本低,速度快,操作簡單,提取量較高。但是,該法提取的總蛋白質質量差,損失了小分子量蛋白;而且,雜質含量高,電泳時雜質向泳道兩側擴散,擠壓其他泳道,樣品放置一段時間后有明顯的雜質沉淀。因此,該法提取的總蛋白不宜用于電泳分析。
Tris法是比較常用的方法,成本低,速度快,操作簡單,提取量高。雖然采用該法提取的蛋白質組分是完全的,但小分子量蛋白的量不如大分子量蛋白的。經過改進后,雖有所改善,但仍不理想。不過,采用改進Tris法提取總蛋白,進行SDS-PAGE電泳分析,效果良好。Tris堿雖可防止蛋白的水解,但由于引入鹽離子,會導致IEF(等電點聚焦)電壓過低,從而影響聚焦。因此,用該法提取的總蛋白不宜用于二維電泳(2-DE)分析。