1 串聯質譜
兩個或更多的質譜連接在一起，稱為串聯質譜。最簡單的串聯質譜（MS/MS）由兩個質譜串聯而成，其中第一個質量分析器（MS1）將離子預分離或加能量修飾，由第二級質量分析器（MS2）分析結果。MS/MS 最基本的功能包括能說明 MS1 中的母離子和 MS2 中的子離子間的聯系。
MS/MS 在混合物分析中有很多優勢。在質譜與氣相色譜或液相色譜聯用時，即使色譜未能將物質完全分離，也可以進行鑒定。MS/MS 可從樣品中選擇母離子進行分析，而不受其他物質干擾。
2 聯用技術
色譜可作為質譜的樣品導入裝置，并對樣品進行初步分離純化，因此色譜/質譜聯用技術可對復雜體系進行分離分析。因為色譜可得到化合物的保留時間，質譜可給出化合物的分子量和結構信息，故對復雜體系或混合物中化合物的鑒別和測定非常有效。
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