熒光光譜的產生機理是這樣的：被激發的π電子發生躍遷后，在向基態躍遷的過程中，會經過不同的激發態，只有在第一激發單從態，也就是最低激發態的電子向基態躍遷時，才會發出熒光，否則則會以磷光或熱輻射的形式放出熱量。這就是說，熒光的光譜是不會隨著激發波長的改變而改變的，當然量子點熒光除外。但是當以化合物的最大吸收波長為激發波長時(l理論上)，這個時候發生躍遷的電子數越多，所以熒光強度也越大。
激發光譜是固定熒光波長，測定不同波長的激發光激發所得到的熒光強度，激發光譜相當于吸收光譜，光譜上熒光強度最大處對應的波長是激發光最靈敏的波長。
而熒光發射光譜是固定激發波長（不一定是最大激發波長，有的儀器會固定特征波長，像960熒光就固定了激發波長為365nm），測定不同熒光波長時的熒光強度。
熒光光譜與激發光波長無關，熒光的發射過程是出于不同激發態分子的熒光發射，電子最終都是從第一激發態的最低能級開始，直接發射熒光回到基態的各個振動能級。
熒光波長要比激發波長長。