由于x熒光光譜是表面分析，分析深度只有幾個微米，因此對于粉末分析，x射線的強度可能隨樣品粒度和樣品的不均勻性而變化，這個現象是粒度效應。x射線的強度隨分析組分的化學結構和礦物晶體形態不同而變化的現象稱為礦物效應。這兩個效應可通過制成玻璃融片或粉碎樣品減小
