乙酰輔酶A是能源物質代謝的重要中間代謝產物，在體內能源物質代謝中是一個樞紐性的物質。
糖、脂肪、蛋白質三大營養物質通過乙酰輔酶A匯聚成一條共同的代謝通路——三羧酸循環和氧化磷酸化，經過這條通路徹底氧化生成二氧化碳和水，釋放能量用以ATP的合成。乙酰輔酶A是合成脂肪酸、酮體等能源物質的前體物質，也是合成膽固醇及其衍生物等生理活性物質的前體物質。
