亞臨界流體萃取相比其它分離方法具有許多優點: 無毒、無害，環保、無污染、非熱加工、保留提取物的活性成分不破壞、不氧化，產能大、可進行工業化大規模生產，節能、運行成本低，易于和產物分離。
提高萃取效率的方法
提高萃取效率的方法以溶料比、攪拌、萃取溫度、萃取時間、萃取壓力、萃取次數、萃取劑及夾帶劑的選型、超聲波的輔助萃取等因素有關。
溶料比
從理論上說，溶料比越大，萃取效率越高，在工業化的生產過程由于成本的優化，一般控制在 1：1～1.5：1 之間。
攪拌
萃取的過程是分子相對擴散的過程，適度的攪拌可以增加溶劑和物料之間的充分混合，減少萃取中外擴散阻力，使萃取體系的濃度朝有利于固體物料中的脂溶性成分向液體的溶劑中擴散。
萃取溫度與壓力
提高萃取溫度能增加分子的運動速度，從而提高擴散的速度，但是，過高的溫度又會造成活性成分的滅活。因此，將溫度控制在一定溫度以內，并在生產過程中任意控制。壓力與溫度呈正相關關系，萃取溫度的上升，萃取壓力相應提高。壓力升高，有助于提高萃取速度。
萃取時間與次數
針對不同的物料，先通過正交試驗得出合理的萃取時間和次數，在實際生產過程中通過罐組間的逆流萃取工藝得以提高萃取效率。
萃取劑及夾帶劑的選型
加入適量合適的夾帶劑可明顯提高亞臨界流體對某些被萃取組分的選擇性和溶解度。比如，在辣椒紅色素的萃取中，經過對特定夾帶劑的加入對亞臨界流體的溶解能力和萃取選擇性研究, 結果表明這一特定夾帶劑的加入可以顯著增加流體的溶解能力,受此鼓舞，我們試驗配置了多種溶劑混合的復合溶劑，針對性的提取不同的動植物原料中脂溶性成分。表面活性劑也可以作為夾帶劑提高亞臨界流體萃取效率, 提高的程度與其分子結構有關, 分子的脂溶性部分越大, 其對亞臨界流體的萃取效率提高越多。關于夾帶劑的作用原理,有研究認為是夾帶劑的加入改變了溶劑密度或內部分子間的相互作用所致。
利用超聲波
在亞臨界流體萃取天然動植物活性成分的過程中, 通過超聲波的“空化”作用，以達到激化提取溶媒滲透、溶解、擴散活性，減少萃取的外擴散阻力，能縮短萃取時間，從而大大提高了萃取的效率，相應產量提高，成本降低。實踐表明在亞臨界萃取過程中引入超聲波輔助技術有很大的優勢。
