耐藥性根據其發生原因可分為獲得耐藥性和天然耐藥性。
自然界中的病原體,如細菌的某一株也可存在天然耐藥性。
當長期應用抗生素時,占多數的敏感菌株不斷被殺滅,耐藥菌株就大量繁殖,代替敏感菌株,而使細菌對該種藥物的耐藥率不斷升高。