親和色譜的用途很廣泛，可以用來從細胞提取物中分離純化核酸、蛋白，還可以從血漿中分離抗體。分離重組蛋白就經常使用親和色譜。
通過基因修飾為蛋白加上一些人為的特性，這些特性使蛋白選擇性地與配體結合，從而達到分離的目的。親和色譜的另一大用途是從血漿中分離抗體。
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