對于人類免疫缺陷病毒的來源，研究者已經基本達成共識。這是一種動物源性病毒，起源于非洲中部的野生靈長類動物。
人類免疫缺陷病毒可以分為兩型：HIV-1和HIV-2，其中HIV-1和黑猩猩的免疫缺陷病毒（SIVcpz）在基因組成方面十分接近，很可能是跨種群傳播給人類的。而HIV-2和烏色白眉猴的免疫缺陷病毒（SIVsm）十分接近，很可能來源于此 。
