人類多能性干細胞系的建立有兩個來源，其方法與以往在動物模型中建立的方法相同。（1） 在Dr. Thomson進行的工作中，他從人類胚胎的囊胚期內細胞群中直接分離多能干細胞。Dr. Thomson從IVF（體外受精）臨床實驗室得到胚胎，這些胚胎是不育癥臨床治療不需要的，用于繁殖，而非研究目的。從捐獻者夫婦處獲得知情同意書后，Dr. Thomson分離了內細胞群，將這些細胞進行培養，產生一個多能性干細胞系。
（2） 與此相反，Dr. Gearheart從終止妊娠的胎兒組織中分離出多能性干細胞。捐獻者自行決定了終止妊娠，從他們那兒獲得了知情同意書后，Dr. Gearheart從原本要發育成睪丸或卵巢的胎兒部位取得細胞。盡管Dr. Thomson 實驗室和Dr. Gearheart實驗室使用的細胞系來源不同，但發育成熟的細胞看起來非常相似。