1、蛋白編碼序列。以三聯體密碼方式進行編碼。編碼DNA在基因組中所占比例隨生物而異，在人類細胞基因組中，這一比例只有1.5%左右。這類編碼序列主要是非重復的單一DNA序列，一般在基因組中只有一個拷貝（單一基因），然而，也有可能有兩個或幾個拷貝甚至多達上千個拷貝的情況，這些都來自于從基因家族里派生出來的重復基因或多基因。
2、編碼rRNA、tRNA、snRNA和組蛋白的串聯重復序列。它們在基因組中一般有20~300個拷貝，人類基因組中約含有0.3%這樣的DNA。
3、含有重復序列的DNA。這類DNA在基因組中占有很大一部分。它們又可以分為兩個亞類：簡單序列DNA和散在重復序列。DNA轉座子、LTR反轉座子、非LTR反轉座子和假基因都屬于散在重復序列。非LTR反轉座子包括短散在元件和長散在元件。典型SINE其長度少于500bp，如人和靈長類基因組中大量分散存在的Alu家族，人基因組中有50萬~70萬份Alu拷貝，相當于平均每隔4kb就有一個Alu序列；典型LINE其長度在6~8kb之間，如人基因組中L1家族，有100 000個L1拷貝。
4、未分類的間隔DNA。
5、高度重復DNA序列：
①衛星DNA，重復單位長5~100bp，不同物種重復單位堿基組成不同，一個物種也可能含有不同的衛星DNA序列。
②小衛星DNA，重復單位長12~100bp，重復3 000次之多，又稱數量可變的串聯重復序列，每個小衛星區重復序列的拷貝數是高度不變的，因此早前常用于DNA指紋技術作個體鑒定。研究發現小衛星序列的改變可以影響鄰近基因的表達，基因的異常表達會導致一系列不良后效應。
③微衛星DNA，重復單位序列最短，只有1~5bp，串聯成簇長度50~100bp。