1.HLA與輸血的關系 多次輸血后可使受體產生抗HLA抗體，白細胞膜受到破壞，釋放內源性熱原質，引起發熱反應和白細胞下降。有建議輸血小板進行治療時，最好測定HLA-A、B抗原，防止由于患者產生針對血小板膜HLA抗原的抗體，避免血小板被破環所造成的“無反應（refractory)”現象。
2.HLA與母關系 反復流產、胎兒血小板減少性紫瘢、粒細胞減少癥、早產、畸胎、子癇前期等可能與母胎的HLA系統相容有關。
3.與老年醫學關系 HLA-A1、A8、D3連鎖組與某些自身免疫病發病相關。HLA-A8也與T細胞功能衰退和老年婦女的存活率下降有關。
4.法醫 應用HLA分型技術，排除父子關系或證實生父可靠性可達95%以上。上海市中心血站運用HLA和紅細胞血型已開始辦理“滴血液”的業務。HLA和DNA水平的分型使法醫從單根頭發，極少的細胞或精子判定出個體的組織抗原型別。
目前腎、肝、心臟移植的1年存活率已分別達到90-100%、70-75%和80-90%；其中5年存活率已分別達到80-90%、60-65%和50-60%。在防治器官移植排斥反應中，環孢素A（CsA)、硫唑嘌呤、皮質激素仍是目前最常用的免疫抑制劑。抗T細胞球蛋白（ATG)、OKT3單克隆抗體等在防治急性排異中的應用也越來越普遍。CsA目前趨向于采用低劑量長期應有和的方法，既發揮其防治排異的作用，又可盡量減少副作用的發生。FK-506是一種1986年研制成功的免疫抑制藥，是一種大環內酯類藥物，對T細胞功能，IL-2和IFN-γ的產生均有明顯的抑制作用。在肝移植、腎移植病人中均取得很好療效，病人與器官存活率稍高于應用CsA的患者，但其副作用明顯小于CsA，病人無多毛癥，腎毒性和致高血壓作用也較輕。
