特殊染色是為了顯示與確定組織或細胞中的正常結構或病理過程中出現的異常物質、病變及病原體等，需要分別選用相應的顯示這些成分的染色方法進行染色。
包括：膠原纖維染色（Masson等）、網狀纖維染色、彈力纖維染色、肌肉組織染色（磷鎢酸蘇木素）、脂肪染色（蘇丹III）、糖原染色（PAS）、粘液染色（PAS）等。 Masson三色染色：膠原纖維藍色（苯胺藍復染）或綠色（亮綠復染），肌纖維、纖維素紅色，紅細胞呈橘紅色。
酶組織化學染色，生物化學術語，是指利用組織細胞內酶具有催化某種反應的特性來檢測酶活性。
酶組織化學（Enzyme Histochemistry）是利用組織細胞內酶具有催化某種反應的特性來檢測酶活性。一般是利用凍結或固定的切片，在一定的條件下（具有酶的底物等）全酶進行催化作用，產生一種可見產物，沉淀在酶所在的部位，最終通過顯微鏡對酶的活性進行定位或定量研究。