從ccfDNA中挖掘深度信息，你需要這個一體化方案

　　如今，癌癥研究人員的手頭又有了一件讓人激動不已的新工具：循環游離DNA（ccfDNA）——只需通過侵入性極小的液體活檢即可采集得到。與從存檔的FFPE腫瘤標本中采集的靜態DNA相比，ccfDNA可提供原發和轉移性腫瘤的實時突變信息。這將大大改善治療決策和監控，對癌癥及其他疾病的生物標志物的檢測和監控具有重要的意義。

　　由于ccfDNA通常以低濃度存在，帶稀有突變或被片段化，故整個流程必須靈敏可靠。QIAGEN為研究人員從ccfDNA中挖掘深度信息提供了必需的一切：一個完整且簡化的流程，覆蓋采集、穩定、分離、分析和數據解釋。快看QIAGEN的解決方案！

　　采集和穩定

　　PAXgene Blood ccfDNA Tube是針對ccfDNA的特殊采血管，采血體積最高可達10 ml。它的材質是特殊處理的高硬度透明塑料，可對抗運輸過程中的撞擊。采血管采用了一種非交聯反應的穩定劑，可有效防止溶血及gDNA的釋放，最大限度減少對ccfDNA的改變。采集后的全血可在室溫下（8-25oC）放置7天。

　　分離ccfDNA

　　手動提取看這里。QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit適合從血漿或血清中分離循環DNA或RNA。這種方法無需酚氯仿。核酸與QIAamp Mini柱特異結合，而污染物流走。通過3步洗滌可徹底去除PCR抑制劑，如二價陽離子和蛋白質，只留下純凈的核酸。若只需要循環RNA，則可以利用RNase-Free DNase Set來消化DNA。當然，這些操作也可以在QIAcube上自動化開展。

　　若你們實驗室有QIAsymphony SP平臺，那么恭喜你，事情就更簡單了。你只需要將PAXgene Blood ccfDNA Tube采集到的全血進行離心，分離出血漿組分，然后小心地將血漿轉移到第二支管中。后面的純化過程就交給QIAsymphony SP吧。全自動的QIAsymphony PAXgene Blood ccfDNA Kit采用磁珠法分離出ccfDNA片段，其產量與手動的QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit相當。全自動操作提高了重復性，也避免了交叉污染。

　　ccfDNA測序

　　QIAseq cfDNA All-in-One Kit則率先將ccfDNA提取與文庫制備相結合，讓文庫制備更加方便和高效，以滿足外顯子組或全基因組測序的需求。這個過程包括兩個主要步驟：從血漿中提取ccfDNA，以及NGS的文庫制備。核酸提取也是采取經典的過柱法。由于ccfDNA通常約為170 bp，故文庫制備之前不需要片段化。洗脫液可直接用于文庫制備。

　　QIAGEN提供了兩個版本的All-in-One Kit，分別適用于Illumina和Ion Torrent的測序儀。試劑盒中提供了對ccfDNA的末端進行適當處理的試劑，以及測序接頭和條形碼，讓多個樣品可在單次運行中同時測序。酶的配方和緩沖液已針對ccfDNA進行優化，這樣只要有10 ng ccfDNA，就能夠生成與Illumina測序儀兼容的NGS文庫，而無需PCR擴增。如果實在沒有，也可以使用試劑盒中附帶的HiFi PCR混合液擴增。

　　數據分析

　　后續的數據分析可是QIAGEN的強項。他家的Ingenuity? Pathway Analysis?、Biomedical Genomics Workbench?及其他QIAGEN生物信息學方案，可以對液體活檢樣本的DNA和RNA測序數據進行分析和解釋，有助于發現癌癥的生物標志物，并改善癌癥的檢測、診斷和治療。

　　如今，有了這些新工具，相信不止ccfDNA本身讓人激動不已，它也能帶來激動人心的研究成果。從ccfDNA中挖掘深度信息，這個一體化方案你值得擁有。