以PCR為基礎的檢測工具的優缺點

第一，PCR反應是快速的。整個DNA提取，擴增和檢測的過程通常少于6小時，如果反應利用嵌套的引物，過程可能長些。對于一些樣本來說，比如來自糞便和表皮，就需要在DNA提取中增加步驟，這樣就延長了整個檢測的時間到14小時。
　　
用購買的核苷酸提取工具就能縮短檢測時間，同時機械進行提取，使PCR方案最優化或使用加快熱循環技術。有了優化的樣本，快速提取和光循環熱循環，整個檢測時間能縮短到2小時。但通常是6-8小時。
　　
與以培養基為基礎的方法要花2-5天的時間相比較，這是巨大的進展了。這也比一些需要有精確計算結果的培養基濃縮的抗體檢測實驗要快。當購買的實用抗體基礎的檢測工具比PCR基礎的方法快時，大部分這樣的化驗只能用于非常有限的生物體上。

第二，PCR不需要培養。這是與PCR基礎的檢測的速度密切相關的。既然PCR是十分靈敏的（少到10 cfus的樣本就能被檢測），培養通常是沒必要的。大多數最新的實用PCR檢測工具需要有選擇性的濃縮，特別是當樣本包括大量的PCR抑制劑時。用核苷酸提取方法能夠避免培養，核苷酸提取方法產生了PCR所需一定質量的DNA并且優化了PCR反應。如果在大量樣本中檢測少量的病原體，或者病原有機體在PCR靈敏度的極限以下的情況下，將需要使用培養。在一般情況下，使用培養的情況是很少的。去除了培養的步驟，時間將被節省下來。比節省時間更重要的是，去除了培養，那些難以或不能培養的生物體就可以進行檢測。這些生物體包括某種病毒、真菌、厭氧性生物和支原體。

第三，PCR的花費合理。與培養或抗體基礎的化驗相比，PCR基礎的診斷是十分經濟的。考慮到細菌的培養，有較昂貴的花費。大多數樣本為了正確的鑒定需要培養和重復培養，這需要大量的手工時間（加上化驗的花費），也增加了污染的危險。

作為比較，大多數抗體化驗所需的手工時間很少但化驗本身很昂貴。 PCR反應的成分（引物，酶，dNTPs和緩沖液）的花費比每次化驗的花費少40%，而反應的時間包括核苷酸分離，通常在一小時以內。當然這依賴于樣本、技術員和用于分離核苷酸的技術。既然PCR所用的時間少，它的花費也少。但是，PCR需要熱循環，UV來源和一些類型的圖象捕獲裝置，因此PCR實驗室的最初花費比較高。

我們再討論另外一些PCR在臨床領域使用的基本原理
　　
第一， PCR不是抗原基礎的。
　　
抗體基礎的檢測工具（ELISA和其他）不僅檢測直接抗病原體的人類抗體，而且能檢測病原體上的表面抗原。人類抗體檢測工具因此需要免疫反應的存在，以及在正確檢測抗原存在之前抗體濃度的測定。在新近感染的情況下，這種測試不能檢測針對病原體的人類抗體，可能不能正確反映是否有感染。事實上，被感染的病人，沒有充足的時間來提高用于檢測的濃度，這是HIV抗體基礎檢測的通常的問題。由于相同的原因，這種類型的測試對檢測無免疫應答患者的病原體存在困難。反過來講，抗體基礎的測試也會給出錯誤相反的結果。

然而抗體基礎的檢測最大的問題是它不能檢測新的病原體亞型，由于表面抗原發生改變，而導致了錯誤的陰性結果。PCR基礎的檢驗也可能由于DNA的變化、突變而遇到相似的問題，但PCR基礎的檢驗能夠進行設計，使這些錯誤的陰性結果最小化。盡管有這些缺點，抗原基礎的檢測工具是十分重要的檢測方法，在大多數情況下比PCR檢測要迅速。
　　
第二， 檢驗易按客戶的要求設置，以適合特殊的需要。
　　
通過簡單使用不同的特殊目標引物，工具能迅速設計，用于許多檢測。
　　
第三， PCR容易使用，是由時間證實的技術。
　　
通過使用有商業價值的核苷酸提取產物，用于病原體檢測的樣本能在少于十分鐘的時間內被例行操作。一旦進行操作，樣本被加入反應體系中，進入熱循環。反應完成后，樣本能被自動系統或凝膠電泳所分析。少數的PCR檢測將能完全自動化。儀器將進行所有操作，從樣品的準備到分析結果。這樣的系統將十分昂貴，可能只能適應制造商的平臺。這對大多數臨床實驗室無吸引力，但當價格下降后，將最終使PCR診斷自動化。