潛伏期10天左右，其長短與感染菌量有關，食物型暴發流行可短至48小時，而水源性暴發流行時間可長達30天。典型的傷寒自然病程為時約4周，可分為4期：
1.初期
相當于病程第1周，起病大多緩慢，發熱是最早出現的癥狀，常伴有全身不適，乏力，食欲減退，咽痛與咳嗽等。病情逐漸加重，體溫呈階梯形上升，于5～7天內達39～40℃，發熱前可有畏寒而少寒戰，退熱時出汗不顯著。
2.極期
相當于病程第2～3周，常有傷寒的典型表現，有助于診斷。
3.緩解期
相當于病程第3～4周，人體對傷寒桿菌的抵抗力逐漸增強，體溫出現波動并開始下降，食欲逐漸好轉，腹脹逐漸消失，脾大開始回縮。但本期內有發生腸出血或腸穿孔的危險，需特別提高警惕。
4.恢復期
病程第4周末開始，體溫恢復正常，食欲好轉，一般在1個月左右完全恢復健康。