位點特異性重組（site-specific recombination）是遺傳重組的一類。這類重組依賴于小范圍同源序列的聯會，重組也只發生在同源的短序列的范圍之內，需要位點特異性的蛋白質分子參與催化，重組的蛋白不是rec 系統而是int 等，如噬菌體l 的定點插入。重組時發生精確的切割、連接反應，DNA不失去、不合成。兩個DNA分子并不進行對等的交換，有時是一個DNA分子整合到另一個DNA分子上（插入重組）。
