主要區別是，性質不同、特點不同、應用不同，具體如下：
一、性質不同
1、低聚異麥芽糖
低聚異麥芽糖，又稱為異麥芽低聚糖、異麥芽寡糖、分枝低聚糖等 ，是淀粉糖的一種，主要成分為葡萄糖分子間以α-1，6糖苷鍵結合的異麥芽糖、潘糖、異麥芽三糖及四糖以上的低聚糖。
二、特點不同
1、低聚異麥芽糖
低聚異麥芽糖屬于非消化低聚糖類，具有水溶性膳食纖維功能。由于低聚糖不被人體消化液消化，故又稱之為低分子質量、非粘性、水溶性膳食纖維。但功能性低聚糖不具有膳食纖維增稠、水和、飽腹作用。
2、低聚果糖
低聚果糖擁有保健功能確切和食品配料優良的雙重品格。 以其低熱值，無齲齒、促進雙歧桿菌增殖、降血糖，改善血清脂質，促進微量元素吸收等優良生理功能。低聚果糖被國際營養學者確認為“具有優良難消化性的水溶性膳食纖維”，可以雙向調節人體微生態平衡。
三、應用不同
1、低聚異麥芽糖
低聚異麥芽糖有許多優良的性質和保健生理功能，適合代替部分蔗糖，添加到各種飲料、食品中。
2、低聚果糖
應用于乳酸菌飲料、固體飲料、糖果糕餅、餅干、面包、果凍、冷飲、湯料、谷物等多種食品中。低聚果糖的添加，不僅提高了食品的營養和保健價值，同時還能有效延長如冰淇淋、酸奶、果醬等多種食品的保質期。