低聚異麥芽糖的生產大致有以下兩種途徑：
①利用糖化酶(glucoamylase)的逆合作用,在高濃度的葡萄糖溶液中將之逆合生成異麥芽糖、麥芽糖等低聚糖,但該方法生產的IMO有產率低、產物復雜、生產周期長等缺點而難以工業化大量推廣；
②以淀粉制得的高濃度葡萄糖漿為底物,通過a-葡萄糖轉昔酶催化發生。一葡萄糖基轉移反應而得。工業化生產低聚異麥芽糖一般以淀粉為原料采用全酶法工藝,技術以日本最為成熟。
生產流程
淀粉一噴射液化一β-淀粉酶糖化一α-葡萄糖苷轉移酶轉化一脫色一離子交換一 真空濃縮或噴霧干燥一成品。
工藝控制
掌握噴射液化技術是生產的前提
由于低聚異麥芽糖是以a-1,6糖苷鍵結合的異麥芽糖、潘糖、異麥芽三糖、異麥芽四糖等為主要成分組成,占總糖50%以上,而且要盡可能控制葡萄糖含量,因此,要嚴格控制連續噴射液化的工藝條件,既做到全部糊精化,又控制淀粉的水解程度（較低的DE值）。
濃度確定
淀粉乳濃度直接影響液化操作,間接影響糖化程度。實踐表明,淀粉乳濃度低一些,液化操作易于掌握．而且液化均勻完全,效果良好。
選擇
以蒸氣噴射淀粉液產生的高溫促使淀粉迅速糊化,憑借a一淀粉酶較強的水解作用使充分糊化的淀粉完全液化。此時,淀粉的糊化速度與液化速度同步進行,迅速將淀粉降解為糊精和少量低聚糖,且粘度降低,呈水流性使液化順利進行。