呼吸困難,白細胞減少,可引起二重感染.腎損害較重,個別病例可致死亡.腎功能不全者應減量.靜注可有呼吸抑制,一般不用.鞘內注射一次不超過5mg,以防刺激神經組織.
[神經系統]腎功能正常的人，應用本品或其他兩個品種，神經毒性的反應發生率為7%，而有腎臟疾患者，其發生率為80%，接受大劑量治療的患者，其發生率也近于80%。臨床表現為眩暈、軟弱、思睡、皮膚感覺異常或感覺過敏、手足麻木、舌麻、眼花、復視、眼球震顫，步伐不穩、共濟失調等，其發生的機制可能是本品與含類脂質豐富的神經組織相結合，從而干擾了傳導過程有關。不良反應通常可在治療開始后即發生，或在每次給藥后出現，一般并不嚴重，停藥后1～3天即可消失。本品
及其他兩個品種，尚可產生呼吸麻痹。此類反應發生急驟，發作前可無先兆，乃由于本品對神經肌肉接頭的阻滯作用所致。反應的發生與藥物劑量有關，如靜脈給藥滴速邊快，血濃度過高；或胸、腹腔內大量放入本類藥物，均可引起呼吸抑制。此外，與手術時麻醉劑、肌肉松弛劑、鎮靜劑等應用有關，故常發生在手術時或手術后；患者如有慢性消耗性疾病、腎臟疾病、低鈣血癥、重癥肌無力等疾病時也易產生此類反應。本品及其他兩個品種，尚可產生呼吸麻痹。此類反應發生急驟，發作前可無先兆，乃由于本品對神經肌肉接頭的阻滯作用所致。反應的發生與藥物劑量有關，如靜脈給藥滴速邊快，血濃度過高；或胸、腹腔內大量放入本類藥物，均可引起呼吸抑制。此外，與手術時麻醉劑、肌肉松弛劑、鎮靜劑等應用有關，故常發生在手術時或手術后；患者如有慢性消耗性疾病、腎臟疾病、低鈣血癥、重癥肌無力等疾病時也易產生此類反應。 [呼吸系統]有報告1例嚴重哮喘病人，應用皮質類固醇口服，并霧化吸入支氣管擴張劑，在其中加入克念菌素25mg/2ml后哮喘發作嚴重及呼吸衰竭。
[泌尿系統]腎臟損害為較常見的毒性反應，有作者報道損害發生率可20.2%，發生急性腎小管壞死者約1.9%。腎損害在用藥4天后即可發生，初期表現為蛋白尿、管型尿，尿中出現少量紅、白細胞，繼續發展可出現少尿、血尿素氮及肌酐升高等。多粘菌素引致腎損害的主要病理變化在腎小管，嚴重者可發生腎小管壞死，臨床出現低鉀、低鈉、低鈣、低氯等電解質紊亂現象。停藥后1～2周腎損害尚可繼續進展。克念菌素的腎毒性高于多粘菌素E，而后者的硫酸鹽制劑較甲烷磺酸鹽的腎毒性為大。
[過敏反應]注射本品后可產生面部潮紅、皮膚瘙癢、皮疹、支氣管哮喘和藥物熱，偶可發生過敏性休克。
[其他]克念菌素及E在肌注處可產生劇痛，溶液內加入局部麻醉劑可減輕疼痛，但注入后40～70分鐘仍可出現疼痛，持續1～8小時。本品偶可引起暫時性白細胞減少和葡萄球菌、變形桿菌、真菌等的二重感染。
禁忌腎功能不全者應減量.本類藥物可通過胎盤，但尚未能證實它們有致畸作用。孕婦用本類藥物，胎兒會產生毒性作用的。