要注意葉片與傳感器的距離，植物冠層分析儀是利用傳感器來進行測量的，測量的過程中，要注意葉片與傳感器的距離，因為太近也會導致測量的誤差，要明確葉片與傳感器的距離限制，如果距離無法縮小,可以考慮增加重復次數來解決這個問題。
注意斜坡的影響，在測量的過程中，有些測量對象是在斜坡上的，需要注意對于斜坡測量，使用時應該盡量使傳感器保持與斜坡相匹配，而不是實際的水平。注意樣地尺寸的影響，由于在測量的過程中，要保證傳感器的視野范圍是冠層高度的3倍，因此這對樣地的尺寸有要求，如果尺寸太小，勢必會影響測定結果，但是如果實在是無法解決樣地尺寸太小的問題，可以采用觀察帽的方法或是除第5個環的數據來解決這個問題。
要避免陽光直射，由于直射的陽光會導致測量誤差，因此在使用作物冠層分析儀測量的過程中，應該盡量避免直射的陽光，一般來說理想的測量天氣為日出日落時或多云的天氣，其中遮蓋帽設計，也是為了降低由于光線造成的誤差，比如從傳感器的視野中去除太陽；從視野中去除操作者的影響；天空亮度不均勻；冠層內有明顯的空院；減小對測量樣地尺寸的需要；減小了森林內必需的空地尺寸等。