孟魯司特鈉品一般耐受性良好，不良反應輕微，通常不需要終止治療。孟魯司特鈉總的不良反應發生率與安慰劑相似。
1、15歲及15歲以上哮喘患者
已在大約2600名15歲及15歲以上的成年哮喘患者中進行了臨床研究，評價了本品的安全性。在兩項設計相似，安慰劑對照的12周臨床試驗中，本品治療組中與藥物相關的發生率≥1%且高于安慰劑組的不良事件是腹痛和頭疼。但這些不良事件的發生率在兩組間無顯著差異。
在臨床研究中，累積已有544名患者使用本品治療至少6個月、253名患者治療1年、21名患者治療2年。隨著使用本品治療時間的延長，不良事件發生的情況無改變。
2、15歲及15歲以上季節性過敏性鼻炎患者
已在大約2199名15歲及15歲以上成年季節性過敏性鼻炎患者中進行了臨床研究，評價本品的安全性情況。每天早晨或夜間服用本品一次耐受性良好，不良反應發生率與服用安慰劑類似。在安慰劑對照的臨床研究中，本品治療組中與藥物相關的發生率≥1%，且高于安慰劑組的不良事件。在為期4周的安慰劑對照臨床試驗中，安全性情況與2周臨床試驗一致。在所有的臨床研究中，嗜睡的發生率與安慰劑組相似。
3、15歲及15歲以上常年性過敏性鼻炎患者
已在3235名15歲及15歲以上常年性過敏性鼻炎患者中進行了兩項為期六周的安慰劑對照臨床研究，評價了本品的安全情況。每天服用本品一次耐受性良好，不良反應發生率與服用安慰劑組類似，且與季節性過敏性鼻炎的臨床研究結果一致。在這兩項臨床研究中，治療組的不良反應發生率低于1%，且未發現有與藥物相關，發生率高于安慰劑組的不良事件。嗜睡的發生率與安慰劑組相似。