轉基因產品的檢測可以從核酸和蛋白質水平上進行檢測。
定量檢測主要是基于核酸水平的檢測,由于目前轉基因技術中使用的基因構件主要來源于花椰菜花葉病毒(CaMV)的 35S 啟動子和膿桿菌的 Nos 終止子,絕大部分轉基因產品含有這兩個基因片段,所以檢測 35S 啟動子和 Nos 終止子基本可達到檢測轉基因產品的目的。
但由于 35S 來源于花椰菜花葉病毒,十字花科的植物(如油菜)易自然感染 CaMV,如果對進口轉基因油菜針對 35S 設計引物進行檢測,則可能將感染 CaMV 的非轉基因油菜判定為轉基因產品,從而引起貿易糾紛。鑒于此,對這類產品應進行目的基因檢測。同時還應選擇合適的植物內源基因作為陽性擴增對照,檢查核酸抽提質量。選擇合適的引物、熒光探針及適宜的 PCR反應體系可進行轉基因定量檢測。此方法須設計一個內部探針,該探針包含5′端熒光報告因子和3端淬滅因子。
PCR 反應前,由于種滅因子與熒光報告因子的位置相近,使熒光受到抑制而檢測不到熒光信號。隨著 PCR 反應從上游的 PCR 引物開始,引物和標記探針與目標 DNA 分子中對應的互補序列復性,聚合酶與探針相遇利用其5'核酸外切酶活性使報告因子釋放產生的熒光可被內設的激光器記錄,記錄到的熒光強度可反映 PCR 的產物量,從而實現實時定量分析。市場上有三種具有競爭力的定量 PCR 儀器:PE7700,Lightcycler以及 BioRad 定量 PCR 儀。
實驗中所需要的試劑供應商有試劑盒提供。這三種儀器均以閉管系統運行,而且無需進行擴增后操作,避免了污染問題短時運作便可獲得數據進行分析,費時極少。
real-time 法的靈敏度至少是競爭 PCR 的10倍,可檢測到每克樣品中 2pg 轉基因的 DNA量。該實驗操作自動化,可在提取 DNA 后 3h 內完成檢測分析。檢測信號具有特異性,對未加工、加工和混和的樣品都可檢測。已有實驗室用 real-time 法作 GMO 定量篩選的檢測方法,但對方法的標準化研究仍有待加強。缺點是需要購買價格昂貴的專門儀器,較難推廣。