1.肝功損害：由于昂丹司瓊經肝臟代謝，對中度及高度肝功不良及年老體弱者每天用藥劑量不應超過0.15mg/kg，同時應注意肝功惡化時及時用保肝藥物。
2.大便干結、腹脹：由于昂丹司瓊抑制腸道蠕動所致，嚴重者癥狀可持續5～7天。處理此類情況并不難，注意調整飲食結構，增加運動，適當配合內科藥物如增強胃腸動力藥物即可，一般也可自行緩解。
3.皮疹：在注射周圍皮膚斑疹、皮疹或皮膚出現一過性發紅等反應。
4.頭痛、眩暈、心動過速、胸部不適均少見，均為一過性，不需處理或對癥處理即可，靜坐不能、支氣管痙攣、腹瀉、癲癇大發作、低鉀血癥等偶見。
5.部分患者可短暫性無癥狀的氨基轉移酶升高。
6.曾有即刻過敏反應的報道。