1、過敏反應：蕁麻疹等各類皮疹較常見、白細胞減少、間質性腎炎、哮喘發作和血清病型反應較少見；過敏性休克偶見，一旦發生，必須就地搶救，予以保持氣道暢通、吸氧及給用腎上腺素、糖皮質激素等治療措施。
2、赫氏反應和治療矛盾：用普魯卡因青霉素治療梅毒、鉤端螺旋體病等疾病時可由于病原體死亡致癥狀加劇，稱為赫氏反應；治療矛盾也見于梅毒患者，系治療后梅毒病灶消失過快，而組織修補相對較慢或病灶部位纖維組織收縮，妨礙器官功能所致。
3、二重感染：可出現耐青霉素金葡菌、革蘭陰性桿菌或念珠菌二重感染。
