1、口服給藥時較常見胃腸道反應，如惡心、嘔吐、腹脹、腹瀉、食欲不振等。
2、大劑量使用氟氯西林可出現神經系統反應，如抽搐、痙攣、神志不清、頭痛等。
3、大劑量使用氟氯西林偶見中性粒細胞減少，對特異體質者可致出血傾向。
4、少數患者用藥后可致急性膽汁淤積和氨基轉移酶升高。
5、用藥后可見藥疹、藥物熱等過敏反應。
6、長期用藥可致菌群失調，發生二重感染。
7、肌內注射或靜脈給藥時可致注射部位疼痛、硬結，嚴重者可致血栓性靜脈炎。
