1、腎毒性：奈替米星引起的腎臟不良反應為1000人中有7例。不良反應可表現為血清肌酐值上升，并可能伴隨尿量減少，尿中出現腎小管管型細胞或蛋白質；血尿素氮值上升或者肌酐清除率下降。這些不良反應在老年人，有腎臟損害病史的病人，接受長時期或者超過推薦劑量的藥物治療的病人身上發生的更加頻繁。雖然，在氨基糖苷類抗生素治療后可能會發生永久性的腎損害，我們觀察到的由奈替米星引起的腎損害通常是溫和且可逆的，并且是在治療結束后，在藥物被排泄時發生的。
2、神經毒性：有關于對聽覺神經和第八對顱神經的前庭分支有不良反應的報道。與奈替米星相關的聽力改變在每1000人中大約發生4例。與奈替米星相關的主觀聽力喪失大約每250人中發生1例。與奈替米昨相關的前庭異常在每150人中發生1例。
那些可能使與氨基糖苷類抗生素相關的耳毒性發生率風險增加的因素包括：腎損害(特別是嚴重到需要透析的病人)，藥物過量：脫水，給藥時伴隨利尿酸和味喃葵胺酸或先前已經用過其它耳毒性藥物。也報道有外周神經病或腦病，包括麻木，皮膚麻刺感，肌肉刺痛，驚厥和毒性樣肌無力綜合癥發生。
癥狀包括頭暈、眩暈、耳鳴、眼球震顫和聽力喪失。由氨基糖苷抗生素引起的耳毒 性通常是不可逆轉的。耳蝸損害，通常只是在高頻音波下聽覺測試結果發生微小的改變，并會發生主觀聽力喪失。前庭功能障礙通常引起眼球震顫、眩暈、惡心、嘔吐或急性梅尼埃爾綜合癥。
那些有正常腎功能且在給奈替米星注射劑時沒有超過推薦劑量或長于推薦時間的病人發生毒性作用的風險較低。一些曾經接受過其它氨基糖苷類抗生素治療時發生毒性神經反應的病人現在進行奈替米星治療時沒有進一步發生毒性反應。
3、在由氨基糖苷類抗生素治療后會發生神經肌肉阻滯后引起的急性肌肉麻痹和呼吸暫停。
4、其它在給奈替米星注射劑時發生不良反應發生率如下：
①血清轉氨酶(SGOT和SGPT)，堿性磷脂酸酶，膽紅素值上升，發生率約為每1000人中15例；
②皮疹或瘙癢，發生率約為每10000人中4-5例；嗜酸粒細胞增多，發和率約為1000人中4例；
③血小板增多，發生率約為1000人中2例；
④凝血時間延長，發生率約為每1000人中1例；
⑤發熱，發生率約為每1000人中1例。
⑥發生率為每1000人中少于1例的不良反應有與奈替米星相關的貧血、白細胞減少、血小板減少、白血病樣的反應、白血絕胞未成熟循環，高鉀血、嘔吐、腹瀉、心悸、低血壓、頭痛、定向力障礙，視力模糊或感覺異常；
⑦奈替米星肌肉注射和靜脈輸注的局部耐受性非常好，但每1000人中約有4例出現嚴重的疼痛，有相似的數目的病人出現硬塊或血腫。