所有的氨基糖甙類藥物都可能導致聽覺、前庭和腎臟的毒性以及神經肌肉阻滯(參見注意事項)。現在或過去有過腎臟損害的，用其它耳毒性或腎毒性藥物的，以及長期超量使用該類藥物的患者以上副作用的發生率會隨之增加。
硫酸阿米卡星氯化鈉注射液的主要不良反應如下：
1、神經毒性-耳毒性-對第八對腦神經的毒性作用會導致聽覺喪失，平衡性喪失或者兩者同時發生。阿米卡星主要影響聽覺功能。耳蝸的損害包括高頻性耳聾并且通常發生在臨床出現聽力喪失的癥狀之前。
2、神經毒性-神經肌肉阻滯使用氨基糖甙類藥物后可發生急性肌肉麻痹和呼吸暫停。
3、腎毒性血肌酐的升高，蛋白尿，出現紅細胞、白細胞、管型，氨質血癥以及少尿癥狀都有過報道。當停止使用藥物這些腎毒性表現是可逆的。
4、其它-除了上述的一些反應外，還有一些其他反應，例如皮疹、藥源性發熱、頭疼、感覺異常、震顫、惡心和嘔吐、嗜酸性粒細胞增多、關節痛、貧血和低血壓等。