優點
（1）相互作用的蛋白質都是經翻譯后修飾的，處于天然狀態；
（2）蛋白的相互作用是在自然狀態下進行的，可以避免人為的影響；
（3）可以分離得到天然狀態的相互作用蛋白復合物。
缺點
（1）可能檢測不到低親和力和瞬間的蛋白質－蛋白質相互作用；
（2）兩種蛋白質的結合可能不是直接結合，而可能有第三者在中間起橋梁作用；
（3）必須在實驗前預測目的蛋白是什么，以選擇最后檢測的抗體，所以，若預測不正確，實驗就得不到結果，方法本身具有冒險性。
（4）靈敏度沒有親和色譜高。
