根據“彈頭”不同劃分：①細菌性毒素。某些細菌能產生強大的毒素蛋白，是用于構建重組免疫毒素彈頭的一類最多的蛋白毒素。這些蛋白毒素被用于與抗體或生長因子等靶向分子連接，以殺傷表面帶有特定抗原或受體的細胞。因其具有靶向性和有效劑量小的特點(通常幾個毒素分子就足以殺死一個細胞)而被應用于自身免疫疾病，移植排斥反應的治療；②植物性毒素。這類毒素由A鏈和B鏈構成，有強烈的細胞毒性和抗腫瘤作用；③人源性蛋白毒素。利用人體本身的一些具有生物學毒性的蛋白毒素作為免疫毒素的彈頭。它可以避免免疫毒素在治療過程中，在人體內產生人抗外源毒素的抗體而使治療難以繼續進行；④雙彈頭或雜合彈頭毒素。這種免疫毒素是通過轉基因的方法，將2種或2種以上不同毒素的基因進行重組所制備的分子，以多種毒素不同的胞內運輸途徑相互協調，而有效地提高免疫毒素的細胞毒性。這種基因重組研究。更有助于了解各種毒素的結構和功能的關系，同時也有助于研制新型的、更有效的免疫毒素彈頭分子；⑤T細胞型彈頭。與常規的免疫毒素相比，T細胞更有利于浸潤和破壞實驗瘤。將T細胞上嵌合表達具有抗腫瘤活性的單鏈抗體，即構成所謂的腫瘤特異性T細胞復合體。
根據載體的不同劃分為：①完整單克隆抗體。它所制備的免疫毒素在血液系統腫瘤的治療中應用較多，但因其分子量較大難以擴散并滲透到實體瘤內部，所以對實體瘤的治療無明顯的效果；②單鏈抗體(ScFv)。其分子量較小，由連接肽相連的單克隆抗體的輕、重鏈可變區(FV)片段構成，與抗體相比，FV是能介導特異性結合的最小抗體亞單位；③單域抗體。僅包括重鏈可變區，其分子量為單鏈抗體的1/2，但保留了單鏈抗體的大部分的抗原結合能力；不論是單鏈抗體還是單域抗體。所構建的免疫毒素的半衰期都比較短，在體內容易被清除；④人源化抗體。其設計盡量降低鼠源化抗體在人體內誘發免疫排斥反應。它既保持了抗體的親和力，又不易引發免疫反應，而且在人體內的半衰期也較長；⑤細胞生長因子。