實驗方法原理
通過免疫沉淀，用蛋白質特異性抗體能夠定量分離目的蛋白。免疫沉淀法由三個步驟組成。首先將特異性抗體加入細胞提取物，第二步加入經化學固定的金黃色葡萄球菌，以確保形成大量沉淀。這些細菌通過蛋白質 A 和抗體形成復合物，蛋白質 A 與免疫球蛋白的 Fe 部分有高度的親和性。或者說，純化的蛋白質 A 結合的 Sepharose 樹脂，為從細胞提取物屮分離出抗原抗體復合物，提供了一個固體基質。最后通過洗脫，除去尚未沉淀的雜質。
為了除去已破碎的或固定差的細胞，在用于免疫沉淀（作用）之前可以預先洗滌金黃色葡萄球菌細胞。如果要使用蛋白質 A-Sepharose 樹脂，應按廠家說明書預先膨潤之。
實驗材料 含蛋白質的樣品
試劑、試劑盒 蛋白質特異性抗體已固定的金黃色葡萄球菌或蛋白質 A－Sepharose 樹脂TrisNaClEDTANaN3TritonX-100緩沖液 A
儀器、耗材 Eppendorf 管小型臺式離心機混旋器
實驗步驟
1. 加過量的特異抗體于含有目的抗原的蛋白質溶液中。例如在 1 ml 沉淀混合物的溶液中應加入 10～25ug 的純化抗體。
2. 混勻并在冰浴中孵育沉淀混合物 1 h 以上（雜交瘤上清液需 2～3 h）。
3. 加足夠量的金黃色葡萄球菌或蛋白質 A-Sepharose 樹脂以結合沉淀混合物中所有的免疫球蛋白分子，Calbiochem Standardized Pansorbin 細胞具有 2.0 mg/ml 的免疫球蛋白結合容量。Bio-Rad Affi-Gel 蛋白質 A 具有 6～7 mg/ml 的 IgG 結合容量。
4. 混勻并在冰浴中孵育 15～60 min。
5. 離心免疫沉淀物 15 s 或在 4℃ 3000×g 離心 10 min。
6. 用含有 0.05％ TritonX-100 的緩沖液 A 冼滌免疫沉淀物 3～5 次，每次冼滌時，注意小心完全地使沉淀懸浮。
6.1 再將沉淀懸浮于 100 ul 洗滌緩沖液，混勻。
6.2 在 Eppendorf 離心管屮離心 15 s。
6.3 重復 6.1～6.2 步驟 2～3 次。
7. 將沉淀懸浮于 100 ul 樣品緩沖液，或等電點聚焦緩沖液中，通常 1/8 的沉淀在凝膠電泳中就足以檢測到蛋白質，當然這取決于蛋白質的起姶濃度，為了有效分離蛋白質混分物，須將樣品加熱到 100℃。
注意事項
1. 為了除去凝聚物，在使用前成預先超速離心抗體溶液（160 000×g 離心 30 min 或 400 000×g 超速離心 10 min）。反復凍融將促進抗體的凝聚作用，因此應將抗體保存在水溶液中，為了滅活蛋白酶在使用前可將抗體在 56℃ 保溫 30 min。
2. 用于免疫沉淀反應的金黃色葡萄球菌能夠進行培養和制備，經福爾馬林固定和熱處理的金葡菌也可直接購入，制備的細胞收集于水溶液，-20℃ 貯存。
3. 將抗原提取物預先吸附于洗脫過的金葡菌的方法。能夠減少非特異的金葡菌的結合。
4. 通過改變洗脫緩沖液的 pH 值、鹽濃度、或去垢劑。可提高免疫沉淀反應的特異性，
5. 不同的免疫球蛋白對金葡菌結合時具有不同的親和力，兔、人、豚鼠的免疫球蛋白具有很好的結合力。
6. 對小鼠和山羊抗體的最大結合力分別在 pH8 和 pH9 的條件下。將抗小鼠 IgG 抗體和金葡菌細胞預先溫孵，可彌補小鼠 IgG1 和金葡菌細胞結合力差的缺點。
7. 蛋白質 G 是從鏈球菌中分離得到的，在結合抗體的性質方面類似于蛋白質 A。對不同種屬抗體結合而言，蛋白質 G 比蛋白質 A 具有更好的結合性質。一種去除白蛋白結合域的蛋白質 G 衍生物偶聯的 Sepharow 樹臘已有產品面市（Pharmacia 產品）。
8. 免疫沉淀反應的樣品緩沖液有時需要加尿素助溶。
9. 免疫沉淀反應之后釋放抗原的條件是可利用 3.5 mol/L MgCl2，0.1 mol/L 枸櫞酸鈉（pH 3.0），3 mol/L 氨水或硫氰酸鉀飽和的鹽酸胍，0.2 mol/L 二碘水楊酸鋰和 2-疏基乙醇洗滌免疫復合物。
10. 免疫沉淀物通常用放射自顯影檢出放射性標記蛋白，或者是通過免疫印跡來識別。但對照樣品必須和金葡菌有交叉反應。
11. 建議電泳時要有適當的對照，以減少本底。