1）對熒光標記的抗體的稀釋，要保證抗體的蛋白有一定的濃度，一般稀釋度不應超過1：20，抗體濃度過低，會導致產生的熒光過弱，影響結果的觀察。
2）染色的溫度和時間需要根據各種不同的標本及抗原而變化，染色時間可以從10 min到數小時，一般30 min已足夠。染色溫度多采用室溫（25℃左右），高于37℃可加強染色效果，但對不耐熱的抗原（如流行性乙型腦炎病毒）可采用0-2℃的低溫，延長染色時間。低溫染色過夜較37℃30 min效果好的多。
3）為了保證熒光染色的正確性，首次試驗時需設置下述對照，以排除某些非特異性熒光染色的干擾。
① 標本自發熒光對照：標本加1-2滴0.01mol/L，pH7.4的PBS。
②特異性對照（抑制試驗）：標本加未標記的特異性抗體，再加熒光標記的特異性抗體。
③ 陽性對照：已知的陽性標本加熒光標記的特異性抗體。
如果標本自發熒光對照和特異性對照呈無熒光或弱熒光，陽性對照和待檢標本呈強熒光，則為特異性陽性染色。
4）一般標本在高壓汞燈下照射超過3min，就有熒光減弱現象，經熒光染色的標本最好在當天觀察，隨著時間的延長，熒光強度會逐漸下降。