隨著測序技術的快速發展和成本下降，二代測序在臨床遺傳病的診斷上已經變得越來越成熟，全外顯子測序已成為遺傳病診斷一線檢測方案，然而仍然有一半以上的疑似病例得不到確診，高深度全基因組測序（WGS）除了檢測常規的點突變和微小插入缺失（Indel）外，可以同時檢測結構變異（包括拷貝數變異、倒位、易位）、動態突變和線粒體突變，相關文獻已經證明了其在臨床診斷應用上的潛力。
下面我們分享兩例WGS應用于臨床診斷的案例。
先癥者女性，19歲，自幼易跌倒，錘狀趾，無明顯誘因出現雙下肢無力，行走不穩，疲勞后癥狀加重，伴有氣喘， 某次受涼后再次出現雙下肢無力，進行性加重，不能行走，并出現雙上肢無力，臨床診斷腓骨肌萎縮癥2型，其大妹妹有相似癥狀，父母及小妹妹和弟弟正常，使用神經肌肉相關Panel未發現致病基因突變。
后采用30X高深度全基因組測序，發現先證者與其患病的妹妹在線粒體ATP6基因上攜帶一個MitoMap數據庫已收錄的錯義突變，而母親與表型正常的弟弟及妹妹都攜帶該突變，但是由于突變豐度未達閾值所以并未發病。
圖1： 一代測序驗證一家六口該突變的突變豐度
（來源/上海尋因生物）
15歲某男孩臨床診斷為肢帯型肌營養不良，在肢帯型肌營養不良相關基因CAPN3基因上只發現一個點突變，而該基因為隱性遺傳模式還需另外一個等位基因攜帶變異才會發病，采用30X高深度全基因組測序，發現先證者在CAPN3基因上同時存在一段6.7kb的雜合缺失，影響該基因5個外顯子，經過一代測序驗證兩個變異分別來自父母。
圖2：IGV顯示CAPN3存在一段雜合缺失，見紅框
（來源/上海尋因生物）
雖然WGS相比全外顯子與Panel相比有更高的陽性率，然而WGS全面分析需要結合多種算法，常規臨床科室很難從頭掌握分析技術，為了解決這一臨床痛點，上海尋因生物推出全基因組可視化分析軟件GeneRanger-WGS，可全面分析以下變異類型。
標準分析流程界面如下
圖3：WGS標準分析軟件界面
（來源/上海尋因生物）
支持從原始數據fastq、clean fastq、bam、vcf文件開始分析，同時輸出二代測序常規質控指標，可一次分析多個樣本。位點篩選界面如圖4。
圖4：變異位點過濾分析界面
（來源/上海尋因生物）
支持單人患病與家系多人患病分析模式、支持trio 分析新發突變與復合雜合突變，變異可自選質控參數，支持虛擬基因列表分析，可選只分析OMIM基因減少篩選位點數。可啟動Ranking結合臨床表型與生物信息學評估自動排序候選位點。
上海尋因生物致力于為臨床遺傳診斷提供實用高效的可視化軟件，除了以上全基因組可視化分析軟件GeneRanger-WGS外，還開發了以下可視化軟件：
用于WES與Panel分析點突變與Indel的GeneRanger-2021
用于WES與Panel分析拷貝數變異的WES-CNV
用于親緣關系、污染分析的GeneRanger-QC
用于分析單親二倍體的GeneRanger-UPD
用于分析trio WES局部單體型的GeneRanger-haplotype
用于分析低深度WGS拷貝數變異的GeneRanger-CNVseq
用于分析新基因的GeneRanger-Discovery