1、按用途可分為:小體積樣品全自動固相萃取儀和大體積樣品全自動固相萃取儀。小體積樣品指食品、藥品、血液等樣體，體積量-般在10ml以下;而大體樣品主要指水樣，-般是200ml量以上。
2、按原理分可分為柱萃取和膜萃取全自動固相萃取儀，膜萃取主要為大體積水樣而設計的，膜萃取速度快是其優點，而且不容易堵塞,但是單個樣品的處理成本較柱萃取高，缺點是沒有國標方法支持，市面上的全自動固相萃取儀大部分為柱萃取,而且有成熟的方法支持。
3、按通道分可分為單通道和多通道固相萃取儀，市面上的全自動固相萃取儀有單通道和多通道二種類型,單通道固相萃取儀每次只能處理一個樣品，速度比較慢，多通道可以同時處理多個樣品。