分析軟件是全自動菌落計數儀的另一塊核心成分。因為菌落生物的存在多樣性，在培養基上的表現或顯像不可能大體一致，針對這類變化，在分析軟件選型上要考慮，市場上的一些產品的軟件功能主要有一下幾個方面：
圖像處理：圖像調節(灰度圖、負相圖轉換、對比度、RGB分割...)、圖像增強...
圖像編輯：文字嵌入、圖形嵌入
統計功能：菌落智能識別技術（很重要）、區域選擇統計、直徑分類統計、鼠標單擊計數、顏色識別統計、人 工計數修正、排除污染區域計數、自動換算功能、自動雜質剔除、粘連菌落分割、菌落形態學分析、多通道分割...
測量功能：自動分析菌落直徑、面積等精確測量長度、角度、面積等
數據管理：數據自動存儲、查詢、Excel導出報表打印、數據庫權限設置
高級功能：抑菌圈測量、紙片法藥敏分析、多培養皿統計、螺旋平皿統計
對于科研、質檢部門在菌落儀的要求上也越來越高，一些高端產品的軟件功能應該能夠滿足客戶的需要，但是對與一些特殊實驗應用面來說，在功能上還有待加強。除軟件功能，另外一點也不得不提，那就是操作。人們越來越講究人機結合的舒適性，講究產品功能的強大和操作的簡單化成反比。對用用戶來說才算是真正解放。