共軛亞油酸主要存在于反芻動物牛和羊的肉和奶中，這是由于在反芻動物腸道中厭氧的溶纖維丁酸弧菌亞油酸異構酶能使亞油酸轉化成共軛亞油酸，主要以c-9，t-11異構體形式存在，故而天然的共軛亞油酸主要以反芻動物的消化道的微生物代謝產物而存在。
共軛亞油酸也少量存在于其他動物的組織、血液和體液中。
植物食品中也含有少量共軛亞油酸，但其異構體的分布狀況和動物食品顯著不同，特別是具有生物活性的c-9，t-11異構體在植物食品中含量很少。
海洋食品中的共軛亞油酸含量也很少。
