β-淀粉酶主要存在于高等植物中，特別是谷物中，如大麥、小麥等，在甘薯、大豆中也有存在，在動物體內不存在。目前工業上使用的β-淀粉酶主要包括植物β-淀粉酶和微生物β-淀粉酶。
由于植物來源的β-淀粉酶生產成本較高，人們也開始重視微生物來源的β-淀粉酶，從20世紀60年代開始，已先后發現了來源于巨大芽孢桿菌、多黏芽孢桿
菌及蠟狀芽孢桿菌的β-淀粉酶，但它們的耐熱性低于植物β-淀粉酶。
