同I型內含子類似，是一類具有酶催化功能的內含子，轉錄成RNA后，可以自我剪接。Ⅱ型內含子以與剪接體類似的方式進行剪接，但不需要任何蛋白質（自剪接）。
Ⅱ型內含子是主要存在于線粒體中的一類內含子，它的剪接位點類似于核編碼結構基因的內含子，并同樣遵從GU-AG規律。剪接機理同核內含子的剪接相似，也要形成一個套索的中間體，通過形成5'-2'磷酸二酯鍵將要剪接的位點靠近到一起。但是，Ⅱ型內含子的剪接又不完全與核內含子的剪接相同，它具有自我剪接的功能，不需要剪接體和snRNA的參與，也不需要ATP供能。從結構上看，Ⅱ型內含子的6個結構域可形成發夾環，結構域5與6之間只間隔3個堿基，結構域6參與轉酯作用。 [1]
雖然剪接可以在沒有蛋白質的情況下進行，但依然會額外的使用5個RNA分子及超過50多個蛋白質，并水解多個三磷酸腺苷（ATP）分子。使用 ATP 是要提高剪接mRNA的準確性，避免出現錯誤。
以下是Ⅱ型內含子自剪接的特點（與I型相同是兩次交酯化）：
1、內含子內特定腺苷的2'羥基攻擊5'剪接位點，從而形成一個套索。
2、5'外顯子的3'羥基于3'剪接位點引發第二次的交酯化，從而將兩個外顯子接合。